作为路环地标志式建筑的圣方济各教堂，除了典型的巴洛克建筑风格以外，教堂前地的的葡式走廊，将纪念碑和教堂连接成统一风格的整体。除了建筑风格的特别之处，最引人注目的是，据说在该教堂存有一银盒，盒内藏着正是圣方济各沙勿略的右臂肋骨，是天主教徒瞻仰的重要圣物。该教堂也因此闻名海外。

另一方面，在圣方济各堂中也集中体现了中西交融的特点，教堂的正门除了有中式雕花之外，同时亦有西式的彩绘玻璃。在教堂侧室，一副以“中华圣母”为蓝本的圣母绘画——一个具有中国女子容貌及衣饰的女神绘像，安详地怀抱婴儿，俨然就是中国化的圣母。